Le coronavirus Covid-19 est désormais présent sur tous les continents, à l’exception de l’Antarctique. Dans la lutte contre le virus, le département américain de l’Énergie a activé son supercalculateur IBM Summit Power9 pour aider les chercheurs du laboratoire à se lancer rapidement dans la recherche d’un remède.
Il n’aura fallu que quelques jours au supercalculateur IBM actuellement le plus puissant pour simuler 8 000 composés chimiques afin de rechercher ceux qui auraient un impact sur le processus d’infection Covid-19, une première étape clé pour la recherche d’un vaccin ou d’un remède efficace.
Simuler la relation entre le virus et la cellule hôte
Les virus infectent les cellules en se liant à des composés qu’ils utilisent pour injecter leur matériel génétique dans la cellule hôte. Pour étudier ce phénomène, les chercheurs font croître le micro-organisme et voient comment il réagit dans la vie réelle à l’introduction de nouveaux composés. Ces variables peuvent individuellement être composées de millions voire de milliards de données uniques, un modèle de recherche aggravé par la nécessité d’être exécutées dans plusieurs simulations. Le processus peut se révéler très lent…
C’est là qu’interviennent les supercalculateurs, capables d’effectuer très rapidement des opérations numériques liées aux simulations afin de réduire la gamme des variables potentielles. Ainsi, en quelques jours, Summit a identifié 77 composés de molécules, tels que des médicaments et des composés naturels, qui ont le potentiel de nuire à la capacité du Covid-19 à s’amarrer et à infecter les cellules hôtes.
Alimenter le futur de la recherche
A cette étape, les chercheurs sont encore loin de trouver un remède. Par contre, les résultats des calculs éclaireront les futures études et fourniront un cadre que les chercheurs pourront utiliser pour approfondir ces composés. Ce n’est qu’alors que l’on saura si l’un d’eux présente les caractéristiques nécessaires pour atténuer le virus Covid-19.
Les experts suggèrent que cela prendra un an ou deux, voire plus !
IBM Summit
IBM Summit offre une capacité de traitement de données massive, activée via 4 608 nœuds de serveurs IBM Power Systems AC922, chacun équipé de 2 processeurs IBM POWER9 et de 6 GPU NVIDIA Tensorcore V100, ce qui lui confère une performance maximale de 200 pétaflops, soit plus de puissance qu’un million d’ordinateurs portables haut de gamme.
